Bei der ökologisch zertifizierten Tierhaltung stehen das Wohl und die natürlichen Bedürfnisse der Tiere an oberster Stelle. Neben der vorgeschriebenen Mindestgröße der Stallplätze, gehört dazu auch die Möglichkeit eines Freilaufs oder Weidegangs. So können die Tiere mit der natürlichen Witterung in Kontakt kommen und ihrem arttypischen Verhalten wie dem Grasen, Wühlen oder Picken nachkommen. Auch in den Ställen müssen die Tiere jederzeit ungehinderten Zugang zu Futterstellen und Tränken haben und genügend Frischluft und Tageslicht erhalten.
Extrem schmerzhafte Eingriffe wie das Kupieren (kürzen) von Schwänzen, das Abkneifen von Zähnen oder das Stutzen der Schnäbel bei Geflügel sind in der Öko-Haltung entweder verboten oder nur unter Auflagen erlaubt. Kastrationen bei Schweinen dürfen nur noch mit Betäubungsmitteln und/oder der Verabreichung von Schmerzmitteln stattfinden.
Die Tiere werden mit ökologisch und gentechnikfrei erzeugten Futtermitteln versorgt. Nur in Ausnahmefällen, wenn keine ausreichenden Mengen in ökologischer Qualität am Markt verfügbar sind, dürfen konventionelle, gentechnikfreie Futtermittel genutzt werden.
Die Haltung der Tiere erfolgt im Ökolandbau flächengebunden. Das bedeutet, dass die Anzahl der Tiere je Flächeneinheit begrenzt ist. So wird verhindert, dass eine übermäßigen Menge an Dung anfällt, der nicht sinnvoll auf den regional vorhandenen landwirtschaftlichen Flächen genutzt werden könnte. Denn jedes „zu viel“ dieses eigentlich wertvollen, natürlichen Düngemittels, das nicht zeitnah von den Pflanzen und Bodenorganismen aufgenommen werden kann, gelangt in Grund- und Oberflächengewässer, wo es die natürlichen Kreisläufe aus dem Lot bringt.
Um die Tiere auf den Bio-Höfen gesund zu halten, sind dort vorbeugende Maßnahmen das oberste Gebot. Die artgemäße Tierhaltung, die Auswahl von robusten und an natürliche Haltung angepassten Rassen, hochwertige Futtermittel und die Förderung der Immunabwehr durch Auslauf und Weidegang sind dabei die wichtigsten Grundlagen. Die vorbeugende Behandlung mit chemisch-synthetischen Arzneien, Antibiotika oder die Nutzung von Hormonpräparaten zur Fortpflanzungskontrolle ist in jedem Fall verboten.
Erkranken Tiere dennoch, werden im Ökolandbau überwiegend aus Pflanzen gewonnene (phytotherapeutische) und homöopathische Arzneimittel genutzt. Im Notfall und um das Leiden des Tieres zu verhindern, können auf Anweisung eines Tierarztes/einer Tierärztin auch konventionelle Arzneimittel und Antibiotika verabreicht werden. Werden diese Mittel verwendet, darf das Tier bzw. dessen Erzeugnisse erst nach einer vorgeschriebenen Wartezeit verarbeitet und „ökologisch“ vermarktet werden.
Die Wartezeit ist dabei doppelt so lang, wie die in der konventionellen Haltung vorgeschriebene. Wird ein Tier mehr als dreimal im Jahr mit chemisch-synthetischen Arzneien oder Antibiotika behandelt, dürfen die daraus gewonnenen Erzeugnisse nicht mehr als ökologisch-zertifiziert verkauft werden. Tiere die bereits nach einem Jahr geschlachtet werden, dürfen nicht mehr als einmal entsprechend behandelt worden sein.